公元2631年9月12日，一颗神秘的陨石坠落在新西兰附近的加尔加群岛上。两年以后的2633年12月，联邦军司令部得到消息，说一个叫做“红鹰”的武装组织开始把加尔加群岛地区修建成一个发动异型侵略战争的基地。于是，防卫军“魂斗罗”成员比尔·雷泽【Bill Rizer（ビル・ライザー）】和兰斯·比恩【Lance Bean（ランス・ビーン ）】被送去破坏对方的计划。这次行动获得圆满成功，但是海军部门将有关这次事件的信息作为高度机密，完全未向大众公布。